На практике вопрос решается так: если в результате реорганизации образуются два новых самостоятельных юридических лица, лицензию нужно оформлять заново. Насколько «новым» является организация, можно судить по ее ИНН (если он изменился — компания новая, даже если сохранила старое наименование).
Если при этом АО фактически сохранилось (то же наименование, тот же ИНН), и условия осуществления деятельности, связанной с ознакомлением с секретными сведениями, не изменились (адреса проведения таких работ, наличие допуска у персонала, наличие договора с РСП и пр.), то переоформлять лицензию не нужно.
Однако следует помнить, что подобная ситуация никак не предусмотрена в законодательстве. Если возникнут вопросы, следует опираться на вышеуказанные доводы, и, разумеется, позаботиться о том, чтобы АО действительно соответствовало всем лицензионным требованиям в случае внезапной проверки ФСБ.